我國科研團隊建成“數(shù)字家蠶”共享分析平臺

記者從西南大學(xué)資源昆蟲高效養(yǎng)殖與利用全國重點實驗室獲悉，實驗室代方銀教授團隊取得最新科研成果——“數(shù)字家蠶”共享分析平臺，對于推動家蠶泛基因組成果在功能基因組、基因組選擇和分子設(shè)計育種等方面的研究應(yīng)用具有重要意義。相關(guān)研究成果近日在國際學(xué)術(shù)期刊《核酸研究》在線發(fā)表。

在現(xiàn)代蠶學(xué)研究和育種實踐中，泛基因組序列和多組學(xué)數(shù)據(jù)已經(jīng)成為科學(xué)家手中不可或缺的基礎(chǔ)資源，可以縮短研究和育種的時間，顯著提高工作效率。然而，多組學(xué)大數(shù)據(jù)的整合分析和使用具有成本高、技術(shù)難度大的特點。

代方銀介紹，分析平臺不僅涵蓋家蠶基因序列信息，還整合了家蠶基因表達、調(diào)控、功能研究等數(shù)據(jù)，提供了開展比較基因組和功能基因組等方面研究的分析工具。

這是繼2022年該團隊發(fā)布家蠶超級泛基因組圖譜后，推動創(chuàng)建“數(shù)字家蠶”取得的又一重大進展。分析平臺整合了家蠶泛基因組序列及多組學(xué)數(shù)據(jù)，將一個具有上千個種質(zhì)資源的線下實體基因資源庫轉(zhuǎn)化為組學(xué)序列數(shù)據(jù)庫并搬上互聯(lián)網(wǎng)，實現(xiàn)種質(zhì)資源基因組、遺傳變異及表型等數(shù)據(jù)的開放共享和可視化分析。

“我們將它比喻為一部智能、高效的家蠶基因‘數(shù)字字典’或超級‘圖書館’，研究人員能在這里快速獲取家蠶基因組相關(guān)信息。”西南大學(xué)資源昆蟲高效養(yǎng)殖與利用全國重點實驗室博士后陸昆鵬說。（記者 周思宇）